Bløtbunn finnes typisk i beskyttete områder, der vannet er rolig og små partikler får anledning til å synke til bunns og bli liggende. I slike områder analyserer vi bløtbunnsfaunaen. Bløtbunnsfauna er virvelløse bunndyr som lever i eller på sedimenter som leire, mudder og sand.
De vanligste dyregruppene er flerbørstemark, muslinger, snegler, krepsdyr og pigghuder. De bentiske organismesamfunnene fungerer som en indikator for miljøtilstand i marine områder, da de er artsrike, samtidig som de er relativt stasjonære og reagerer på endringer i lokale miljøforhold.

Miljøpåvirkninger, som organisk belastning og eutrofiering, kan føre til redusert artsmangfold og dominans av få tolerante arter. Høy samlet belastning kan føre til oksygenmangel i bunnvannet, noe som påvirker faunaens sammensetning ytterligere. Utslipp av metaller og organiske miljøgifter kan også påvirke bunnfaunaen negativt.
Metoder for å undersøke tilstand på havbunnen inkluderer:
- Grabbprøver som samler inn sedimenter, og innholdet av bunndyr artsbestemmes og telles. Resultatene brukes til å beregne økologiske indekser som gir grunnlag for tilstandsklassifisering i henhold til Vannforskriften.
- Sedimentprofilfotografering (SPI) er en visuell metode der et kamera tar bilder av sedimentets øvre lag uten å forstyrre strukturen. Bildene analyseres for å beregne BHQ-indeksen, som klassifiserer tilstanden i fem nivåer − fra meget dårlig til meget god. Klassifiseringen gjøres på bakgrunn av både biologiske parametere og kjemiske parametere. Ved anoksiske forhold vil blant annet jern og mangan-forbindelser bli redusert og endre farge. SPI er derfor også et nyttig verktøy for å vurdere oksygenforhold i sedimentet.
